生物信息学：导论与方法课程之生物信息学历史 | 学习课

导读

生物信息学是一门强大的新技术，是用来分析、存储、搜索海量生物医学数据的信息技术和计算技术。另一方面，生物信息学是一种研究生命科学问题的新方法、新思路，是一种从全基因组出发、从系统水平出发、基于数据整合，提出新假说、发现新规律的研究方法。

联川生物正在开展全员学习的生物信息学系列视频课程是由北京大学魏丽萍、高歌等教授主讲的“生物信息学：导论与方法课程”，几位教授通过14周的课程，系统地讲授生物信息学主要概念及方法，以及如何应用生物信息学手段解决生命科学问题。课程内容从基础的序列比对开始，循序渐进，围绕深度测序数据分析、计算基因组学、分子通路鉴定等当前研究的前沿热点内容进行介绍与讨论。

联川的小伙们想通过本次的全员学习，不断提升自己的知识水平。小编想来，这次学习的内容来自北大知名教授，关注我们的小伙伴们也能一起学习、进步，就将视频课程内容整理好分享给大家，与大家一起学习、一起进步，一起探讨生物信息学的相关知识。大家也可以在文末对照视频一起学习哦~

若有整理不当的地方，敬请大家留言交流呐~

生物信息学历史

(课程内容视频，请点击文末阅读原文)

课程目的

     • 构建生物信息学的时间概念框架

年代史

    • 上世纪50年代和60年代：分子生物学的黄金年代；

    • 70年代和80年代：分子生物学和计算机、互联网开始逐渐成熟；

    • 90年代-至今：分子生物学和计算机领域飞速发展阶段。

分子生物学发展

    • 1953年：DNA双螺旋结构，奠定DNA作为遗传物质基础的地位；

    • 上世纪50年代：解出第1个蛋白序列和结构；

    • 1962-1965：第一次在分子水平研究，研究生物体的演化（65年提出分子钟概念）；

    • 1977年：sanger 测序发表；

    • 1988年：人类基因组计划启动（包括相关模式动物测序和高通量测序技术开发）；

    • 1991年：提出Paradigm Shift范式转换-生命科学研究方法开始转化；

    • 生命科学研究需要站在基因组的水平出发，然后提出假设，再进入实验室进行验证。

    • 2001年：人类基因组草图发表；

    • 2004年：人类基因组完成图发表；

    • 2005年：新一代测序技术发明。

计算机发展

    • 1945年：发明第一台电子计算机；

    • 1955年：大规模生产商业化电脑；

    • 50年代：计算机语法理论和高级语法编写出来

    • 1962年：香浓理论发表（Shannon Information Theory)

    • 1969年：建立 ARPANET（internet的雏形）

    • 70年代：邮件、TCP发表

    • 80年代：个人计算机进入市场，使计算机得到普及

    • 1991：WWW(world wide web)建立，linux系统建立

生物与计算机交叉成果年代史

    • 1965年：Protein atlas ：最早的蛋白数据库（包括65个蛋白序列）

    • 1967年：构建系统发育树

    • 1970年：第一次出现生物信息学单词

    • 1970年：出现序列比对匹配算法

    • 1977年：Protein Data Bank (PDB)：存储蛋白三维结构

    • 1978年：PAM substitution matrix-对两个氨基酸序列比对进行量化评估

    • 1981年：Smith-Waterman local alignment 找到两个序列之间最优的局部片段比对，解决一个序列中存在重要和不重要区间的问题。

    • 1982年：Genbank建立

    • 1983年：Protein Information Reasource (PIR）

    • 1990年：BLAST发表

    • 1997年：gap BLAST、psi BLAST发表

    • 90年代：EST/Microarray gene expression analysis

    • 1995年开始：从基因组里预测基因；全基因组比对；

    • 2002年：BLAT 研究的基因在基因组的位置，以及在上下游有哪些调控区域

    • 2007年：SRA数据库建立（存储新一代测序技术数据）

    • 2005年-至今：生物信息学越来越的研究是围绕新一代测序技术的分析

生物信息学对数据的处理过程

     • Data Management-Data Computation-Data Mining-

Modeling/Simulation

课程内容就介绍完了，本系列课程均是整理自视频内容，大家也可以在文末对照视频一起学习哦~

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